Le metodologie che costituiscono lo stato dell’arte nella realizzazione dei Digital Twin prevedono l’utilizzo di ontologie informatiche, intese come manufatto computazionale che semplifica i concetti e le componenti che devono essere processate. Tali elementi permettono alle piattaforme di “ragionare” sulle componenti del mondo reale: l’ontologia della città complessa descrive un modello del funzionamento e dei processi decisionali che la Urban Intelligence intende promuovere.
 Un impianto logico e una metodologia che descrive i due grandi sistemi: quello fisico territoriale e quello virtuale del Gemello Digitale. Alla base di tale impostazione dell’Ontologia Urbana la norma UNI ISO 37105:2020, che definisce la metodologia generale e l’impianto descrittivo per rappresentare città e comunità. La norma è stata redatta a partire dall’adozione nazionale dell’edizione ISO del 2019, nata dall’esperienza del City Protocol (CA,2015) di Barcellona.
 L’ontologia dell’anatomia urbana, indicata nella norma, fornisce un modello concettuale per indentificare e organizzare le componenti delle città in modo strutturato e coerente, e per definire un’ontologia formale e condivisa. Il linguaggio CityGML costituisce lo standard internazionale (OGC – Open Geospatial Consortium) per la rappresentazione e lo scambio di modelli digitali tridimensionali di città. Permette di modellare diversi sistemi urbani (come costruito, trasporti, ponti, vegetazione, corpi idrici, ecc.) con diversi livelli di dettaglio (LOD – Level of Detail), dal più semplice (volumi di edifici) al più complesso (interni dettagliati).
 Nello schema di classificazione della norma convivono tre sistemi principali: per Environment è stato approfondito il DT Air; per Infrastructures, il DT mobilità; e per il Built Domain e la scala del Neigborhood, il DTBuilt. I sistemi e i relativi simulatori sono descritti con il linguaggio standard CityGML, attraverso il quale si può arrivare alla redazione dell’ontologia integrata. 
La metodologia garantisce che le entità descritte nell’ontologia coincidano con quelle impiegate nei simulatori e nei tool di rappresentazione, assicurando così la coerenza semantica tra i diversi livelli del gemello. L’ontologia si configura così come infrastruttura semantica unificante, in grado di supportare la costruzione dei gemelli digitali urbani e di abilitare l’integrazione coerente dei simulatori tematici con gli strumenti di gestione e analisi.